Na prostoru oko današnje Careve džamije, podignute su prve građevine u Sarajevu a na njenom mestu nalazila se drvena džamija s krovom na četiri vode. Osnivač Sarajeva Isa-beg Ishaković ju je izgradio 1457. godine u čast sultana Mehmeda II Fatiha, pa je u narodu nazvana Carevom džamijom. Uz džamiju je Isa-beg izgradio hamam, podigao most preko Miljacke, a s druge strane reke kameni han (karavan-saraj Kolobara) te veći broj dućana u hanu i oko njega, čime počinje urbano formiranje grada.

Mahala koja je formirana oko džamije nazvana je Mahala Careve džamije, kasnije Careva mahala, i predstavljala je prvi sarajevski stambeni kvart. Današnja džamija izgrađena je 1566. godine, na zahtev Sarajlija, a finansirao ju je sultan Sulejman Veličanstveni. Munara džamije je osmostrana i jedna je od najlepših u Bosni i Hercegovini.

Uz Carevu džamiju sačuvan je harem sa preko stotinu nišana i jednim starim nedatiranim nišanom za koji se veruje da pripada mezaru Isa-bega Ishakovića.