Krupajsko vrelo se nalazi u istočnoj Srbiji ispod zapadnih padina Beljanice na nadmorskoj visini od 220 metara. Smešteno je u ataru sela Milanovca, udaljenom od naselja Krepoljin jedanaest kilometara. Ovo vrelo spada u grupu kraških vrela, pećinskog tipa a temperatura vode kreće se od 9-11C°.

Potok vrela, odnosno vrelska otoka ukupne dužine 435 metara uliva se u Krupajsku reku. Podvodno istraživanje Krupajskog vrela izvršeno je do dubine 124 metra. Zbog izgradnje brane na otoci vrela voda sa atraktivnim vodopadom preliva preko krune ove ustave. Specifičnost ovog prirodnog ambijenta predstavlja izvor tople vode „Toplik“ koji se nalazi u neposrednoj blizini vrela. Temperatura vode ovog izvora iznosi 23C°.