Iznad manastira prolazi trasa stare železnice koja je danas lokalni asfaltni put. Iz Ovčar Banje put vodi niz levu obalu Zapadne Morave veoma atraktivnom trasom, tamo kuda je kroz stene Kablara početkom dvadesetog veka probijena trasa železnice. Nakon 2 kilometra stižete do malog asfaltiranog proširenja iznad manastira, sa koga se stazom, pa stepeništem spustite do kapije. Deonicu od Ovčar Banje možete preći autom (ne autobusom), ali mi preporučujemo šetnju ili vožnju biciklom. Manastir je ujedno na trasi biciklističke rute „Kablar bike trail“ i planinarskih staza 3 i Ovčarsko-kablarska transverzala.

Tokom letnje sezone do manastira Nikolje se može doći turističkim plovilima (zakazivanje vožnji i rezervacije mesta preko turističkog info-centra Ovčar Banja). Autobusi mogu doći do letnje bašte restorana „Dom“, na 1300 m do manastira.